Program wychowawczo-profilaktyczny IX Liceum Ogólnokształcącego im. Kazimierza Jagiellończyka w Toruniu przyjęto uchwałą Rady Pedagogicznej z dnia 13 września 2024 r. oraz uchwałą Rady Rodziców z dnia 16 września 2024 i w porozumieniu z Samorządem Uczniowskim z dnia 16 września 2024 r.