Program wychowawczo-profilaktyczny IX Liceum Ogólnokształcącego im. Kazimierza Jagiellończyka w Toruniu przyjęto uchwałą Rady Pedagogicznej z dnia 20 września 2019 r. oraz uchwałą Rady Rodziców z dnia 16 września 2019 i w porozumieniu z Samorządem Uczniowskim z dnia 29 września 2019 r.